办公室、人力资源部、财务部、党群工作部（纪检工作部）、考古工作协调部、考古研究一室、考古研究二室、考古研究三室、文物保护事务部、文物保护一室、文物保护二室、科研管理部、考古科技与实验研究中心、文物标本管理部、公众考古中心、文物数据中心。